Pierwsza wzmianka o wsi pojawia się pod rokiem 1374. Od początku swego istnienia Wilczkowice były wsią rycerską. W XVI-XVII w. Właścicielami Wilczkowic byli: Jan Staszkowski herbu Bogoria, Jan Strzemię herbu Strzemię, a następnie Adam i Mikołaj Janowscy. W tym czasie istniała w Wilczkowicach papiernia nad rzeką Dłubnią.

Pod koniec XVIII w. właścicielem klucza wilczkowickiego, do którego należały też Kozierów i Masłomiąca, był hr. Roman Sierakowski. W tym czasie w Wilczkowicach znajdował się dwór, młyn na Dłubni, kuźnia, browar oraz dwie karczmy. Wieś liczyła 200 mieszkańców.